玛瑙的主要成分为二氧化硅，地质学上称之为石英。石英质矿藏岩石很丰厚，除了玛瑙之外，还有水晶、蛋白石（欧珀）、燧石、火石、硅藻土等。

  玛瑙为多晶体矿藏，是指二氧化硅分子晶体乱七八糟的组成物质。单晶体是指物质分子晶体呈规矩性、周期性摆放。多晶体物质没有固定形状，而单晶体有规矩形状，比方同为二氧化硅的成分的单晶体水晶，为六面体形状。

  玛瑙归于隐晶质石英，是指构成玛瑙的二氧化硅分子晶体十分细小，肉眼及偏光显微镜下不调查。肉眼无法调查物质分子晶体，但在显微镜下则可清楚分辩，称之为微晶体，比方成分同为二氧化硅京白玉，便是微晶质。物质晶体可肉眼区分的，称之为显晶质结构，比方独龙玉等。

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